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民國九十一年六月始，由本計畫總召集人鄧哲明教授(台大醫學院藥理學科)邀集協同召集人趙宇生主任(國衛院生技藥研組)、張子文執行長(生技中心)、執行秘書李水盛教授(台大醫學院藥學系)、蕭美玲技監(衛生署)及尹福秀顧問(經濟部技術處)等召開會議，針對本計畫初步擬定分組架構，成立五個執行小組與小組召集人之推薦。而於同年九月二十日，本國家型計畫第一次指導小組會議建議再改名為「生技製藥國家型科技計畫」，並建議工作小組應有產業界參與，因此規劃七個工作小組，即天然藥物組、化學合成藥物組、生技藥物組、藥效評估組、蛋白質晶片組、臨床試驗組及產業推動組。
工作小組主要職掌如下：
- 擬訂國家型科技計畫之政策方針及工作計畫。
- 規劃綱要計畫書。
- 遴聘諮議小組成員。
- 協調﹑整合與管理計畫之執行
- 向指導小組提出計畫及執行檢討報告，並適時向國科會委員會議報告。
工作小組成員：
第三期(IIIB)辦公室總主持人及工作小組名單
總主持人 鄧哲明 教授 台大醫學院藥理學科
協同主持人 趙宇生 主任 國家衛生研究院
協同主持人 汪嘉林 執行長 財團法人生物技術開發中心
癌症藥物組召集人 張俊彥 教授 國家衛生研究院
糖尿病藥物組召集人 李宏謨 教授 台北醫學大學醫技系
神經藥物組召集人 蕭明熙 教授 長庚大學生命醫學系
心血管藥物組召集人 簡伯武 教授 成大醫學院藥理學科暨藥理所
感染藥物組召集人 施信如 教授 長庚大學醫技系
先導藥物試驗組召集人 王麗茹 研究員 財團法人生物技術開發中心
候選藥物推動組召集人 陳炯東 博士 國家衛生研究院
臨床研究組召集人 彭汪嘉康 院士 萬芳醫院癌症研究中心
產業推動組召集人 陳 正 總經理 健亞生物科技股份有限公司
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第三期辦公室總主持人及工作小組名單
總召集人 鄧哲明 教授 臺大醫學院
協同主持人 趙宇生 主任 國家衛生研究院
協同主持人 吳明基 執行長 生技中心
協同主持人 汪炳鈞 教授 清華大學
執行秘書 李水盛 教授 臺大醫學院
癌症藥物組召集人 曾誠齊 教授 高雄醫學大學
糖尿病藥物組召集人 趙宇生 主任 國家衛生研究院
心血管藥物組召集人 符文美 教授 臺大醫學院
神經藥物組召集人 顏茂雄 教授 國防醫學大學
臨床試驗組召集人 彭汪嘉康 中研院院士 國家衛生研究院
臨床前試驗評估組召集人 李水盛 教授 臺大醫學院
研發成果暨產業推動組召集人 簡督憲 總經理 順天生物科技公司
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第二期辦公室總主持人及工作小組名單
總主持人 鄧哲明 教授 台大醫學院藥理學研究所
協同召集人 趙宇生 主任 國衛院生物技術與藥物研究組
協同召集人 黃瑞蓮 執行長 生物技術開發中心
協同召集人 蘇新森 主任 工研院生物醫學工程中心
執行秘書 李水盛 教授 台大醫學院藥學研究所
天然藥物組 吳天賞 教授 成功大學化學系
化學合成藥物組 郭盛助 教授 中國醫藥學院藥物化學研究所
生技藥物組 林陽生 研究員 生物技術開發中心
藥效評估組 符文美 教授 台大醫學院藥理學研究所
蛋白質晶片組 林啟萬 教授 台大醫學工程研究所
臨床試驗組 戴東原 教授 台大醫院內科部
產業推動組 馬以南 副總經理 中國化學股份有限公司
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