計畫辦公室於執行階段視需要得邀請相關學者專家，組成諮詢小組，提供專業意見，以便於計畫之推動與執行。
生技製藥國家型科技計畫之第三期諮詢小組成員如下：
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癌症藥物組
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彭汪嘉康
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組主任/院士
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國衛院癌症合作組/中研院
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鄭安理
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教授
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台大醫院腫瘤醫學部
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陳慶士
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教授
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俄亥俄州立大學藥學系
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陳世芳
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資深研究顧問
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Piedmont Research Center, USA
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糖尿病藥物組
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莊立民
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教授
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台大醫學院臨床醫學所
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李宏謨
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教授
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台北醫學大學生技所
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郭清輝
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主任
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台北榮總內科部新陳代謝科
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邱俊雄
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Pharmacology
Director
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Research Fellow & Chief Scientific Officer MDS Pharma Services
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心血管藥物組
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伍焜玉
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院長
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國家衛生研究院
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張文昌
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院長/院士
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成功大學生物科學與科技學院
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曾淵如
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教授
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國立台灣大學醫學院附設醫院內科
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林幸榮
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科主任
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台北榮民總醫院心臟內科
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神經藥物組
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何英剛
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副院長（院士）
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國家衛生研究院
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許重義
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校長
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台北醫學大學
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林欣榮
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院長
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慈濟醫院
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吳瑞美
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主治醫師
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台大醫院神經內科
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臨床前評估組
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吳晉
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總裁
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XenoBiotic Inc., USA
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江伯倫
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教授主任
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台大醫院小兒科/台大實驗動物中心
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林山陽
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研究員
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台北榮民總醫院醫研部
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陳繼明
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教授
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台北醫學大學藥學院
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陳正
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董事長兼總經理
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健亞生技公司
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臨床試驗組
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熊昭
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教授
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國衛院生統組
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許光陽
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教授
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台北醫學院藥學系
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劉滄梧
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醫師
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國衛院癌症所
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林敏雄
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醫師
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國泰醫院家醫科
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張恒鴻
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醫師
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林口長庚中醫醫院
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研發成果暨
產業推動組
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陳恆德
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執行長
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財團法人醫藥品查驗中心
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張鴻仁
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總經理
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上騰生技顧問公司
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林衛理
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協理
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中國化學製藥股份有限公司
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林東和
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總經理
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美時化學製藥股份有限公司
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黃一旭
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總經理
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永昕生物醫藥股份有限公司
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生技製藥國家型科技計畫之第二期諮詢小組成員如下：
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天然藥物組
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王光昭
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教授
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台大藥學系
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張錦哲
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教授
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美國普渡大學
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吳榮燦
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教授
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陽明大學生物藥學所
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| 化學合成藥物組 |
李國雄 |
教授
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美國UNC
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王惠珀
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處長
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衛生署藥政處
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生技藥物組
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張子文 |
教授
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清華大學生命科學所
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林文理
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總經理
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國光生技公司
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游正博
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所長
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中研院動科所
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藥效評估組
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何英剛
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教授(院士)
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美國密西西比大學(中研院)
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張文昌
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教授
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成大醫學院藥理所
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楊泮池
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主任
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台大醫院內科
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蛋白質晶片組
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劉炯權
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教授
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美國Case-Western Reserve Univ
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陳益明
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主任
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台大生技中心
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臨床試驗組
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林敏雄
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主任
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國泰醫院家醫科
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熊昭
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處長
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國家衛生研究院研究資源處
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M-W